home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00052 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.1 KB  |  30 lines
  1. **********************************
  2. * Ribosomal protein S8 signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein S8 is one of the proteins from the  small ribosomal subunit.
  6. In Escherichia  coli,  S8  is  known to bind directly to 16S ribosomal RNA. It
  7. belongs to  a  family  of  ribosomal  proteins which, on the basis of sequence
  8. similarities [1], groups:
  9.  
  10.  - Eubacterial S8.
  11.  - Archaebacterial S8.
  12.  - Algal and plant chloroplast S8.
  13.  - Cyanelle S8.
  14.  - Plant S15A.
  15.  - Marchantia polymorpha mitochondrial S8.
  16.  - Strongylocentrotus purpuratus S24.
  17.  - Yeast S22 (S24).
  18.  
  19. As a  signature  pattern, we selected the best conserved region located in the
  20. C-terminal section of these proteins.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [GE]-x(2)-[LIV](2)-[STY]-T-x(2)-G-[LIVM](2)-x(4)-A-[RHA]
  23. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  24.  for Marchantia polymorpha mitochondrial S8.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  27.  
  28. [ 1] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K.
  29.      Protein Seq. Data Anal. 5:285-300(1993).
  30.